Di kota pelabuhan Seian yang tertutup kabut data, Nara, seorang magang arsip, menemukan sebuah manuskrip kosong yang bisa menyerap kenangan lalu menulis ulang kenyataan. Saat ia tak sengaja mengaktifkannya demi menyelamatkan sebuah pengiriman, satu gang lenyap dari peta dan hanya Nara yang masih mengingatnya. Bersama Isha, kurir roda tunggal, dan Kaji, biarawan-koder, Nara menelusuri jejak yang tertinggal di mural, nada jalanan, dan server kota demi memahami cara kerja manuskrip itu. Dewan Penjaga ingin memusnahkan artefak berbahaya itu, sindikat data hendak memperjualbelikannya, sementara arwah pendiri kota menawarkan jalan pintas yang nyaman. Ketika Jun, sahabat Nara, terhapus dari ingatan publik, dilema memuncak. Nara harus memilih antara menulis akhir baru yang rapi atau memaksa Seian mengingat luka lamanya. Perburuan waktu, sabotase jaringan, dan ritual di menara jam membawa mereka ke asal-usul nama Seian sekaligus rahasia mengapa kota ini menutup diri dari dunia luar.
