Made in Abyss mengisahkan petualangan Riko, seorang gadis muda yang tinggal di sebuah kota di tepi jurang raksasa bernama Abyss. Jurang tersebut menyimpan berbagai misteri dan makhluk aneh yang belum terungkap, serta sisa-sisa peradaban kuno. Riko bercita-cita menjadi seorang Penyelamat legendaris seperti ibunya yang hilang di dalam Abyss, demi menemukan kebenaran dan mungkin bertemu kembali dengan ibunya. Dalam perjalanannya, Riko bertemu dengan robot anak laki-laki bernama Reg yang memiliki kekuatan luar biasa. Bersama-sama mereka menuruni jurang yang berbahaya, menghadapi bahaya mematikan, makhluk aneh, dan rahasia kelam Abyss. Perjalanan mereka penuh dengan tantangan yang menguji keberanian dan tekad mereka, serta membuka tabir tentang kengerian dan keindahan dunia bawah tanah tersebut.
